Бо мақсади сари вақт хабардоркунии ҳайати роҳбарикунанда ва мақомотҳои идоракунандаи мудофиаи граждании мамлакат, воҳидҳои сохтории Кумита ва аҳолии Ҷумҳурӣ оид ба хатарҳои ба амал омадани ҳолатҳои фавқулоддаи хусусияти табиӣ ва техногенӣ дошта, амалиётҳои ҷангӣ бо истифода шудани воситаҳои ҳозиразамони ҳамла ва дигар ҳолатҳо дар Кумитаи ҳолатҳои фавқулодда ва мудофиаи граждании назди Ҳукумати Ҷумҳурии Тоҷикистон Маркази идоракунии Кумита ва дар воҳидҳои сохтории он, шўъбаҳо ва шабакаҳои алоқа ва идоракунӣ ташкил карда шудааст.
Аз соли 1993 Маркази идоракунии Кумита ҳамчун, нуқтаи идоракунии Ҷумҳуриявии Мудофиаи граждании Ситоди мудофиаи граждании Вазорати мудофиаи Ҷумҳурии Тоҷикистон ба фаъолият оғоз кард, ки аввалин сардори он полковник Сиддиқов Сергей Михайлович (ҳоло дар қайди ҳаёт нестанд) буд.
Соли 1998 Нуқтаи идоракунии Ҷумҳуриявии Мудофиаи граждании Кумитаи ҳолатҳои фавқулодда ва мудофиаи граждании назди Ҳукумати Ҷумҳурии Тоҷикистон ба Маркази ҷумҳуриявии идораи мудофиаи гражданӣ Кумитаи ҳолатҳои фавқулодда ва мудофиаи граждании назди Ҳукумати Ҷумҳурии Тоҷикистон табдил дода шуд.
Аз моҳи феврали соли 2000-ум Маркази ҷумҳуриявии идораи мудофиаи граждании Кумитаи ҳолатҳои фавқулодда ва мудофиаи граждании назди Ҳукумати Ҷумҳурии Тоҷикистон ба Маркази идоракунии Вазорати ҳолатҳои фавқулодда ва мудофиаи граждании Ҳукумати Ҷумҳурии Тоҷикистон табдил дода шуда, сардораш то нимсолаи соли 2000-ум полковники муставӣ Муловосейнов Маҳмадназар буд;
Аз соли 2000 то 2001-ум полковник Ҳалимов Қурбоналӣ собиқ сардори Раёсати кадрҳои Вазорат сарварии Маркази идоракуниро ба уҳда дошт.
Аз соли 2002-юм роҳбарии онро полковник Халифаев Карим Бобоевич ба уҳда дорад ва то имрӯз фаъолият намуда истодааст.
Аз моҳи феврали соли 2007-ум Маркази идоракунии Вазорати ҳолатҳои фавқулодда ва мудофиаи граждании Ҳукумати Ҷумҳурии Тоҷикистон ба Маркази идоракунии Кумитаи ҳолатҳои фавқулодда ва мудофиаи граждании назди Ҳукумати Ҷумҳурии Тоҷикистон табдил дода шуд.
Айни замон Маркази идоракунии Кумитаи ҳолатҳои фавқулодда ва мудофиаи граждании назди Ҳукумати Ҷумҳурии Тоҷикистон аз шӯъбаи навбатдорони оперативӣ, шӯъбаи алоқа ва хабардоркунӣ ва шӯъбаи молия ва хоҷагидори иборат мебошад.
